流行病学调查提示鼻咽癌的病因可能与EB病毒感染、环境、饮食和遗传等因素有关。 

１．EB病毒感染
　 EB病毒感染的细胞可产生多种EB病毒特异性抗原，包括早期抗原（EA）、壳抗原（VCA）、膜抗原（MA）和核抗原（NA）等。人体感染了EB病毒后会产生相应的各种抗体。鼻咽癌病人EB病毒EA-IgA和VCA-IgA抗体阳性率分别为96％和81.5％，表明这两种抗体可以作为鼻咽癌的血清学诊断标记，但正常人的EA-IgA抗体阳性率较高，在诊断鼻咽癌时不如VCA-IgA特异。进一步研究表明，检测血清中EA-IgA抗体比VCA-IgA抗体更为特异，但不如VCA-IgA敏感。VCA-IgA抗体阳性者有鼻咽癌发生的高度危险性。

２．环境与饮食
环境因素也是诱发鼻咽癌的一种原因。据报道，美籍华人中，在美国诞生的第2代比在亚洲诞生的第1代患鼻咽癌的危险性低，而诞生在东南亚的加利福尼亚的白种人比诞生在美国者患鼻咽癌的危险性高。在广东，调查发现鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍含量较低发区为高。在鼻咽癌患者的头发中，镍含量亦高。镍可能是促癌因素。二亚硝基派嗪（DNP）与鼻咽癌的发生有关。食用咸鱼及腌制食物是中国南方鼻咽癌高危因素，且与食咸鱼的年龄、食用的期限、频度及烹调方法有关。这与咸鱼及腌制品中高浓度的亚硝胺化合物有关。 ３．遗传因素
鼻咽癌病人有种族及家族聚集现象，鼻咽癌可能是遗传性疾病。最近发现决定HLA的某些遗传因子和鼻咽癌间的相关性。有报道鼻咽癌高发家族外周血淋巴细胞染色体畸变与鼻咽癌遗传易感性有一定关系。